电算化会计档案管理中主要存在以下问题：
一是对电算化会计档案的组成认识不足。会计电算化虽已实施较长时间，但会计人员和单位领导缺乏会计档案管理的经验，很多单位只是将打印出的会计档案存档，并未将存储在计算机中的会计信息备份在磁性介质上归档保存，从而影响会计档案的完整性。电算化会计档案比传统会计档案具有更广泛的内涵，电算化会计档案除传统概念的会计档案外，还包括会计电算化过程中形成的纸质文件、电子文件以及系统软件。由此可见，在会计电算化条件下，会计档案的载体除了包括打印输出的记账凭证、会计账簿、会计报表外，还包括电算化会计系统中的所有系统软件、会计软件程序及其全套文档资料。
二是对电算化会计档案调阅方法认识不足。由于不具备传统会计档案的直观可视性，电算化会计档案必须在特定的计算机硬件与软件系统环境中才可显示，而目前许多企业因为没有将会计软件的版式及软件系统很好地保存，导致电算化软件升级后，不同版本的会计数据不能被调用。
三是对电算化会计档案保存的硬件措施不配套。采用电子计算机进行会计核算的单位，应当保存打印出的纸质会计档案。但目前由于一些单位受条件限制，没有配备激光打印机或喷墨打印机，仍使用老式的针式打印机，致使打印输出的会计档案未达到规定的保存期限，且没有按照国家档案局规定的库房管理制度标准，建立专门的电算化会计档案保护制度。
四是会计电算化档案保管人员职责不清，在会计电算化条件下，由于会计数据被记录在磁盘或光盘等磁性介质上，在技术上对电子数据非法修改可以不留痕迹。这种通过计算机技术手段实施的信息篡改、修改、复制、伪造÷销毁等违法乱纪行为具有很强的隐蔽性和社会危害性，相对手工会计系统而言，发现利用计算机舞弊的难度更大。因此在没有及时修订单位的会计档案管理制度，未制定相应的会计电算档案保管人员职费情况下，会计档案的人为破坏和自然损坏现象较为普遍。
五是缺乏必要的计算机维修、网络安全维护人才。电算化下的档案管理涉及到软件、系统安全、维护等一系列专业问题，电算化会计档案管理要求所从事人员不仅要熟悉会计核算工作的各项专门方法，还必须同时掌握必要的计算机操作和维护知识。但目前大部分单位仅对会计人员进行一定的培训后，便安排其使用操作软件系统，会计人员对软件系统的管理与维护还不熟悉，容易导致较大的失误。
针对以上问题，笔者拟提出改善措施如下：
其一，加强电算化会计档案的完整性管理。会计数据在未打印成书面形式输出前，应妥善保管并保存副本。记账凭证、总分类账、现金日记账和银行存款日记账都应打印输出，并按照有关税务、审计等管理部门的要求，及时打印输出有关账簿、报表。电算化会计档案应定期将会计数据备份至磁性介质，并设立备查登记簿，提供备份时间、数量、保管方式等备份细节信息。由于磁性介质的特殊性，管理人员必须对会计电算化档案进行定期检查、复制，以防止会计信息损坏。
其二，加强电算化会计档案与对应会计软件版本一致性的管理。因为在不同版本软件下形成的会计档案数据的结构可能不同，从而导致会计档案不能被调阅或者产生某些预料外的错误。所调阅的会计档案有两种情况：一是所调阅的会计档案的版本号与当前会计电算化系统版本号一致，此时只需将所需调阅的档案通过电算化软件系统的档案调阅功能进行调阅即可；二是所调阅的会计档案的版本号与当前会计电算化系统版本号不一致，只需在另一台电脑上安装与此档案相对应版本的电算化系统，然后再进行调阅。因此，会计电算化档案除保存各种版本和备份会计数据外还应保存对应版本的会计电算化软件版本。
其三，加强会计档案保管人员的权责管理。在电算化条件下，会计数据高度集中在磁盘、光盘等磁性介质上，未经授权的人员出于私利和不正当的目的有可能通过计算机和网络浏览全部数据，复制、伪造、销毁一些重要的会计数据，会计信息的完整性、安全性受到挑战。因此对电算化会计档案的各项内容要规定不同的使用权限。普通数据，可输送大范围共享，涉及单位机密的数据，仅供一定需要的人使用；设计原程序文件、数据结构文件等，仅主管人员或程序开发人员才能使用。通过这样设置，保证电子档案的安全性，减少人为修改的可能性。建立严格的借用手续制度：查阅会计档案，需经财务部门负责人批准，按照档案管理的有关规定，办理借阅手续。外单位查阅本部门会计档案，要有单位介绍信，并经主管领导、财务部门负责人批准。任何人如有伪造、非法涂改变更、故意毁坏数据文件、账册、备份磁盘的行为，将受到行政处分，情节严重者，将追究其法律责任。
其四，对所有的会计数据应进行双备份。由于电算化会计档案是存储在磁性介质或光盘上的，根据这些信息载体的物理特性，在形成这些档案时应实行“AB备份法”进行数据的备份。备份时要注明形成档案的时间与操作员姓名，并贴上写保护封签，存放在两个不同的地点，防止意外事故发生引起整个会计电算化系统的毁灭与系统的不可恢复性。档案应保存在远离磁场的位置，注意防磁、防火、防潮、防尘等。对采用磁性介质保存的档案，还应定期进行检查，定期进行复制，防止由于磁性介质的损坏，而使会计档案丢失，造成无法挽救的损失。
其五，改善硬件设施，配备具有高清晰度的激光或喷墨打印机，作为输出纸质会计档案工具，确保打印输出的会计档案达到规定的保存期限。同时须提供专用的会计档案库房。配置适宜安全保存档案的专门库房，配备防盗、防火、防渍、防有害生物的必要设施。为了使盘片不变形，库内温度要保持在15～25度，相对湿度保持在45％～60％为宜，库房应配有温、湿度测量仪和空调器，严格监测，及时调整。
其六，提高会计部门人员素质，完善人员配置结构。会计电算化，不仅需要一定的专业会计人员，而且需要一定的计算机人员参与维护日常使用和确保其数据的安全。所以必须不断提高会计人员的计算机操作能力，同时需要有一定数量的计算机高级人才管理与维护电算化会计软件的正常使用、网络的安全运行，不断开发更合理、高效的电算化会计软件。只有两者共同配合，才能有效保证会计电算化的正常运行。
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