当前，随着改革试点工作的全面推开，农村信用社在构建新的管理体系、改革产权制度、完善法人治理结构、转换经营机制等各个方面都取得了实质性进展，各项业务呈现出前所未有的发展态势，盈利能力也逐步增强。但是，随着业务的不断发展，农村信用社在内控管理方面存在的一些风险隐患和缺陷也时有暴露，内控制度建设日益摆上重要日程。
内控制度是金融业强化经营管理的一种自律行为，是保证其资产的完整性、完成经营目标和防范各类风险，以及对各职能部门和员工所从事的经营活动进行风险控制、制度管理和相互制约的方法、措施和程序，而农村信用社内部控制的核心就中提高经营管理水平、防范和化解各种风险。针对当前农村信用社内控制度执行中的问题，笔者认为应采取以下对策：
一、增强法制教育，树立防范意识
各级农村信用社要进一步推行安全和法制教育活动，切实从思想上重视内控建设，提高员工的安全防范意识，增强遵纪守法的自觉性和主动性，确保当前农村信用社改革发展的稳步推进。
二、加强会计控制，规范会计行为
加强会计控制，要从规范会计行为入手，一是要督促会计人员严格按照《会计法》办事，严格执行金融企业会计财务制度的有关规定，保证会计凭证、账务核算、会计报表的真实、合法、有效；二是要严格落实会计工作责任制，把会计岗位设置、工作目标、操作规程、规范要求、考核标准制度化，合理分解目标，搞好会计工作的检查、监督，真正实现会计工作“自我约束、自我监督、自我管理和自我完善”的有效机制；三是要加强对会计业务的事后监督，重点从会计事后监督的内部审核，逐步向内部审核和实行自动网络与外部对账相结合，实现会计核算、手工与电脑的自动监管。
三、完善内控制度，强化制约措施
首先要遵循“决策、执行、监督”相互制约的原则，在实际工作中，对所有岗位都要制定相应的制约措施，避免管理失控、制度悬空现象的出现。对现有制度中的疏漏以及不适应、不合理的情况要及时补充、修改和完善，使内控制度建设符合实际工作要求；其次要做好重点部位、重点岗位和重点人员的定期轮换，达到自我控制的目的；三是要抓好各项制度的落实，在制度执行上要做到奖罚分明；四是要建立内控控制的评估制度，对内控制度的有效性进行定期评定，确保内控制度连续有效。
四、强化内审手段，提高内控能力
加强内部审计是促进农村信用社依法稳健经营、有效防范风险的重要环节。强化内部审计应从改革内审机制入手，增强内部审计的独立性和权威性；要在体制上建立由省级联社或地市办事处统一垂直领导内审机制，实行人员、费用单独核算，推行内部审计成本、审计质量与绩效挂钩；要不断加大内部管理投入，加快电子化建设步伐，畅通信息渠道，提高监控能力；要不断加强内审人员的学习培训，提升内审人员的业务技能，尽快建立一支文化素质高、业务能力强、专业技术过硬的复合型内审队伍，以适应农村信用社的快速发展，提高农村信用社的内部控制监控能力，真正起到为业务发展保驾护航的作用。
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