根据党中央、国务院的统一部署，各级党政机关认真开展“小金库”专项治理检查工作。在检查的过程中，我们除了使用现金盘点、票据核对等一些传统的办法外，还结合当前的实际情况，坚持与时俱进，深入学习实践科学发展观，不断地摸索出了一些新方法。
一、 盘点移动性大的固定资产
重点抽查手提电脑、数码相机、数码摄像机和小车的入账使用情况。发现手提电脑、数码相机、数码摄像机经管使用人员一旦异动，很有可能没有移交；有的单位买了多台手提电脑，只有两台在单位，其他都送给了主管部门的领导；账实不符，国有资产被侵占。通过对小车进行盘点，发现个别单位固定资产账上有车辆几台，有的被上级部门长期占有使用。上级部门利用职权以应收不收或放松管制为交易手段，让相关单位购买购买电脑、小车等大宗物品，挂靠在外单位，在本单位不但不入账，就连账外账也没有，这种情形是此次“小金库”专项治理检查的重点之一。
二、 附属的工会、协会账务检查
对于协会，主要是检查2008年12月脱钩前的账务，工会则检查近两年的收支情况。通过检查，发现少数单位将罚没收入、资产出租收入等非税收入转到了工会、协会账上，或者行政超额拨付工会经费，主要支付节假日加班费、津补贴、公款旅游费用、吃喝招待费用等，形成“小金库”逃避财政、审计、纪委等部门的监管。
三、 零余额账户用款额度计划、流水账的核查
一是通过国库集中支付软件查阅2007-2008年零余额账户用款额度计划，检查专项计划资金是否落实到项目单位，是否挪用，是否将项目资金拨到下属单位后报销单位的费用；二是打印预算单位的流水账，检查单位的内部控制是否有效，是否将收入与支出不在单位账面上反映，形成“小金库”。检查发现少数单位存在以上问题。
四、 收入与支出配比计算检查
针对一些单位存在滥发乱补的现象，按照当前党政机关津补贴定额标准进行检查，发现少数单位全年人平津补贴只有几千元，这就说明收入与支出可能未全部入账，以此为依据到相关有联系的单位进行跟踪检查，是否在有联系单位用报销费用的方式抵扣了应收未收的收入。同时加强对专项资金拨款的延伸检查，一是检查将专项资金拨到协会、学会、企业后是否到这些单位报销费用；二是检查预算单位将自身的收入和支出不在本单位反映，而是放到协会、学会、企业后作为“小金库”挥霍。
五、 结合目标管理岗位责任制考核奖励检查
各级政府在年初的经济工作会议上，都发放了一笔金额不小的目标管理岗位责任制年度考核奖励，在检查时通过查阅奖励发放记录，发现有的单位已在财务上已入账；有的单位因奖励金额较小未入账，单位工作人员造册直接发了，我们通过走访调查工作人员予以核实；还有的单位把奖金和从其他单位报销费用收到的资金放到一起作为“小金库”，供单位负责人或小团体使用，我们检查时顺藤摸瓜，一并查了出来。
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